Мне-то хочется все нужное сложить в один файл - один текст, только нужные выдержки.
А вот если этой целью не задаваться, тогда сами документы в любых форматах можно сложить в тематические папки и создать 1 документ - содержание в любом удобном формате с ссылками на сохраненные документы, систематизированными по принципу файлов в папках.