Полки и шкафы по темам, отдельно - текущее, что в работе. Статьи и бумажки с записями в висящих офисных файлах, например, "работа с пропорциями", "ранняя алгебра", "табличные репрезентации". На компьютере папки, и по темам (те же "таблицы") и по текущим проектам, типа "всё для такой-то конференции". Во всей печатной продукции, в книгах, журналах, копиях статей - активно пишу, загибаю уголки... По возможности стараюсь всё добывать в электронном виде. Тогда цитаты и эти вот комментарии пишу в файле, то есть в одной папке лежит статья и надёрганные из неё цитаты с комментариями.